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胚胎发育期间，所有会影响胚胎器官发育，造成胚胎的先天性异常，或是可能增加胚胎先天性异常发生机会的物质，称之为致畸胎物质。新光医院妇产科医师张建玫表示，致畸胎物质的种类相当多，准妈妈如果不小心接触到致畸胎物质，很可能会影响腹中胎儿的发育状况，甚至造成胎儿畸形，一般最常见的致畸胎物质包括了药物、放射线、酒精与香烟。
致畸胎物质在不同时期的影响
胚胎的形成是非常复杂而精细的过程，一般来说，若是接触致畸胎物质，在精子或卵子形成时期，可能造成不孕、染色体异常、怀孕后流产或胎儿畸形的机会增加；而在胚胎形成时期，可能会导致流产、胎儿畸形；至于在胎儿时期，可能会出现胎儿生长异常、胎死腹中的情形。
有害物质1：药物
药物会对胎儿造成危险，已获得研究证实。张建玫医师表示，目前针对药物的分级，是根据美国食品药物管理局（FDA）的分级标准，分成A、B、C、D、X五个等级。
级别：
A 根据针对人类的临床研究显示，此种药物对人体并没有危险，不会出现致畸胎的作用。
B 根据动物实验研究显示，没有致畸胎的作用，但是在人类临床实验中，尚无法完全确定是否没有致畸胎的作用；或是对动物有不良影响，但在良好控制性的人类研究中，显示并不会产生危险。
C 在人类或动物的实验方面，都没有足够的研究；或是在动物实验研究中，有出现致畸胎的作用，但在人类临床实验中并无法证实或否认。
D 在人类临床实验中，证实有致畸胎的危险，但是在疾病治疗的角度上，使用该药物的好处仍比坏处多。因此，怀孕期间通常不会使用此类药物，除非是有迫切的治疗需要，才会权衡利害而给予药物。
X 从动物或人体实验研究报告中皆已获得证明，此类药物有致畸胎的作用，使用后会对胎儿造成严重影响。
目前医界对于怀孕用药的处理原则是，A、B、C级都是可以使用的药物，且大多数的孕期用药都属于C级；D级药物的使用必须视准妈妈的个别情况，如果有迫切的救命需求，仍有可能使用；至于X级药物则绝对不可以让准妈妈使用。
外用药物的影响
除了口服药物之外，外用药物也可能对胎儿造成伤害，张建玫医师表示，虽然外用药被人体所吸收的量较低，大多会留在皮肤上或蒸发，但如果累积到一定浓度，同样会影响胎儿，且许多外用药含有抗组织胺、类固醇等成分，建议准妈妈在使用前最好能先咨询妇产科医师。一般来说，常见的简单判断原则是，如果该药物以口服使用时，对胎儿会产生影响，其改以外用方式也可能因为剂量的累积，造成对胎儿的不良影响，所以使用前必须先向医师咨询。
引起先天性异常的常见药物
一般较为常见会影响胎儿发育的药物有：抗癫痫药物、男性荷尔蒙及合成黄体素、四环霉素、抗拟血剂、维生素A酸。
抗癫痫药物
怀孕期间使用抗癫痫药物，可能会造成胎儿颜面与四肢异常、生长迟缓、骨骼与神经系统的先天性异常，但是对患有癫痫的准妈妈来说，怀孕期间仍必须接受治疗，否则一旦发作，很可能会造成缺氧，导致对胎儿的严重伤害。所以，患有癫痫的准妈妈应该与妇产科医师进行沟通，选择伤害性最小的治疗方式。
男性荷尔蒙及合成黄体素
男性荷尔蒙及合成黄体素是避孕药的主要成分，容易造成女婴男性化、先天性心脏病等异常问题。
四环霉素
四环霉素是相当常见的抗生素，若在怀孕期间使用，可能会使胎儿出现牙齿变黄、牙齿与骨骼发育不良的情形。
抗拟血剂
抗拟血剂如果是采用注射的方式，比较不会对胎儿产生影响；但若是采用口服的方式，可能会导致胎儿颅内出血、中枢神经异常、颜面骨骼异常等。
维生素A酸
维生素A酸常用于治疗青春痘或慢性皮肤病，目前虽然大多是外用药形式，但如果涂抹的剂量过多，还是可能累积而对胎儿造成伤害，像是颜面骨骼异常、兔唇、神经管异常等。
预防药物对胎儿的影响
1.女性如果月经延迟不来，或是出现经期不顺，有不规则出血的情况，都有怀孕的可能性，此时如果需要用药，应该先做检查确认是否已经怀孕。
2.由于怀孕初期的外观并不容易察觉，若已经知道自己怀孕的女性，在就医时应该主动告知医师，以便进行药物的调整。
3.怀孕期间不要自行乱服成药，使用各种药物之前，最好先找妇产科医师咨询。
4.怀孕期间若有疾病需要医师开药（如气喘），或是准妈妈本身有潜在疾病，像是高血压、癫痫、甲状腺问题，必须长期服用药物控制病情，应该与妇产科、该疾病专科两方的医师沟通，确认用药选择、服用剂量等问题。
5.准妈妈若不慎自行服用药物的话，必须记下药名、服用日期、药物成分、剂量，向妇产科医师咨询；如果可以的话，最好也将所服用的药物带给医师进行确认。
有害物质2：放射线
医学上所使用的放射线，大多是做为诊断、治疗的用途。在医疗中用来检查的X光，是由放射线物质所发射出来的游离性辐射线，原则上并没有所谓的安全剂量，当身体受到大量的放射线照射，就会造成较大的伤害；若受到少量的放射线照射，伤害就会比较小，只是程度的不同。荣民总医院产科主任杨明智表示，准妈妈应该尽量避免接受放射线照射，但若是有医疗上的需要，只要剂量很少，还是可以接受照射。
不良影响
一般来说，放射线对胎儿可能造成的影响，必须根据照射剂量、照射部位及怀孕周数三个因素来做判断，若照射的累积剂量愈多，或是照射的部位愈靠近子宫，其危险性就愈高。
研究报告指出，准妈妈在整个孕期中所接受的放射线累积剂量，若是在5雷得（rad，放射线剂量的单位）以下，应该不会增加流产、先天性异常、生长迟滞的发生机率，而一般检查用的放射线，其剂量相当小，远低于5雷得，准妈妈不需要过于担心。不过，在接受计算机断层检查时，人体所接受到的放射线剂量，远大于X光检查，因此准妈妈若需要接受计算机断层检查，必须更加谨慎，以免对胎儿造成伤害。
选择最安全的照射方式
怀孕期间若是因为罹患疾病，需要照射X光进行检查时，可先与医师讨论，看是不是有其它的方法可以取代，像是超音波、核磁共振，尽量选择比较安全的方式。张建玫医师提醒，如果真的没有其它替代的检查方法，才进行X光的照射，并掌握尽量将照射剂量降到最低、减少不必要照射范围的原则来进行；而准妈妈在接受X光检查时，还可以用铅板、铅衣保护腹中胎儿。此外，若是有任何怀孕的可能性，都必须在接受放射线照射之前告知医师，确认接受放射线照射的必要性。
由于做为癌症治疗的放射线剂量较高，如果准妈妈患有癌症，应该与妇产科、该癌症疾病专科医师进行讨论，根据怀孕周数、病情状况，选择最适当的处理方式。
怀孕初期是影响关键
受孕后第15到60天，是胚胎器官形成的关键时间，如果在这段期间，母体接触到致畸胎物质，就会造成胚胎的严重伤害，但是因为每个器官形成的时间不同（如：神经系统的发育时间较长，大约是在怀孕3至16周；心脏的发育时间则大约在怀孕3至6周），因此，在不同怀孕周数接触致畸胎物质，胎儿受到的影响也有不同。至于胎儿若是发育成形，因为器官都已经生成，出现畸形的机会相对也就比较低，所以，怀孕初期的准妈妈，必须特别注意避免接触致畸胎物质。
有害物质3：酒精
酒精造成的胎儿畸形（胎儿酒精症候群），包括生长迟滞、行为偏差、脑部缺损、心脏缺陷、脊椎缺陷、颅颜面畸形。张建玫医师表示，由于胎儿酒精症候群无法在产前诊断，建议准妈妈在怀孕期间，甚至是准备怀孕时，最好都不要饮用任何的酒。 有害物质4：香烟
香烟中包括有尼古丁等许多潜在性的畸形因子，这些因子除了对胎儿具有毒性外，也可能对血管有影响而降低氧气浓度。抽烟最显著的影响是胎儿生长迟滞，也可能造成流产、早产，因此，孕妇除了本身不要抽烟外，还必须避免吸二手烟。
是否需要终止妊娠
若在怀孕期间发现胎儿畸形的问题，应该视缺陷种类及影响性来判断，是否有需要终止妊娠。
一般来说，若缺陷发生在脑部、心脏、肺部等重要生命器官部位，可能造成功能性的损伤，甚至影响胎儿的生存要件时，大多会建议准妈妈终止妊娠；而若是缺陷比较轻微，发生在外在构造上，如四肢、唇部，则可与医师进行沟通，再决定是否需要终止妊娠。
从怀孕前就做好准备
为避免胎儿出现畸形的问题，除了在怀孕期间，应该尽量远离可能导致畸形的危险因子之外，当开始计划怀孕时，夫妻双方就应该做好准备，保持健康的生活环境与习惯，像是戒烟、戒酒、避免吸二手烟等，让身体呈现最佳状态，如此才能孕育健康宝宝，更有效地杜绝胎儿畸形的发生。
避免流产的4项基本要件
1.定期产检
许多准妈妈常因偷懒怠惰、不重视自身健康，而忽略产检的重要性。深不知定期产检，除了能了解准妈妈本身的健康情形外，更能得知胎儿的发育成长状况、健康与否，进而避免流产、早产的情形发生。
2.正常生活作息
怀孕期间应尽量避免工作太过劳累、熬夜等不良作息所造成的身体负荷，应将生活步调放慢，维持正常作息，并保持身心愉悦健康。
3.饮食均衡
怀孕期间若能摄取均衡营养，绝对有助于胎儿的成长发育及母体的健康。有些准妈妈在怀孕期间因为容易恶心，会有偏食、挑食的行为，进而造成营养不均衡、身体虚弱，对自己与胎儿都是不良影响。
4.避免危险动作
准妈妈应尽量避免爬上高处、提举重物、踮脚或弯腰取物；也应避免骑乘机车、开车等危险动作，以防止腹部受到碰撞，造成流产。